Los colegios departamentales -a través de la Federación Médica Colombiana- participan de manera directa en la formulación, discusión y desarrollo de políticas para el sector, llevando un trabajo de gestión, asesoría y vigilancia en el Congreso de la República sobre proyectos que interesan al sector salud y al gremio médico.
Por otro lado, los colegios médicos presentan las listas de los aspirantes a integrar los Tribunales de Ética Médica como miembros en cada departamento, los cuales son elegidos por el Tribunal Nacional de Ética Médica.